Virus torjutaan, kun asiantuntijatyötä tuetaan

Vuoden 2019 lopussa uusi eläinperäinen korona­virus alkoi tarttua ihmisiin Kiinassa. 11.2.2020 WHO alkoi kutsua viruksen aiheuttamaa sairautta nimellä COVID-19, ja virukselle annettiin nimeksi SARS-CoV-2 (Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus 2). Se on lähes samankaltainen kuin SARS-virus.

Tässä lehdessä on artikkeli koronaviruksesta ja epidemioiden syntyjen syistä, jotka eivät liity niinkään eläimiin vaan ihmisen toimintaan. Meitä on paljon, liikkuminen mantereelta toiselle on helppoa ja siksi virukset leviävät tehokkaasti. Vaikka valtiot nyt sulkevat rajojaan, viruksia voidaan torjua etukäteen panostamalle kansainväliseen yhteistyöhön – apuna tietoverkot, tietokannat ja sähköiset tutkimusinfrastruktuurit. Kun mediassa kerrottiin, että Australiassa mikrobiologian ja immunologian professori Katherine Kedzierska on pystynyt kartoittamaan kaikki immuunivasteet eräässä koronaviruspotilaassa, askelta uuden mahdollisen rokotteen kehittämiseen ei olisi otettu ilman näitä infrastruktuureja. ­Kedzierska hyödyntää muun muassa maailmanlaajuista ­UniProt-tietokantaa, johon on tallennettu virusten rakenteita ja sekvenssejä, mutaatioita ja samankaltaisia proteiineja.

Tutkimusinfrastruktuureilla tarkoitetaan välineitä, laitteistoja, tietoverkkoja, tietokantoja ja aineistoja sekä palveluita, jotka muodostavat globaalin tiedon vaihdon verkoston.

ELIXIR (European Life Science Infrastructure for Biological Information) kerää, ylläpitää, säilyttää ja yhdistää biologisen ja lääketieteellisen tutkimuksen tuottamaa aineistoa ja tarvitsemaa dataa. Data liittyy muun muassa molekyylibiologisiin tai lääkeaineiden rakenteisiin ja toimintaan. Osana palveluja ovat ENA (European Nucleotide Archive), josta koronaviruksenkin genomi on saatavana, sekä UniProt (Universal Protein Resource), johon kerätään proteiinisekvenssejä ja annotaatiodataa. Annotaatio tarkoittaa proteiinin toiminnan määrittelyä sekvenssin perusteella. UniProtin datan ansiosta voidaan linkittää yhteen tieto proteiinien vuorovaikutuksesta muiden molekyylien kanssa sekä niiden sijainnista soluissa ja organismeissa. UniProt on laajin avoin proteiinisekvenssitietokanta. Sen tavoitteena on kerätä ja tulkita kaikki julkisesti saatavilla oleva proteiinisekvenssidata.

Kun tutkijat suunnittelevat rokotetta koronavirukseen, he käyttävät avoimia tietokantoja. Rokotetta tai antiviraalista lääkeainetta suunnitellessa on tärkeää ymmärtää viruksen genomisekvenssi ja sen omien proteiinien toiminta. Tietokannoista löytyvät kaikki tähän asti tieteen tunnistamat lajit, jotka voivat saada tartunnan tietystä viruksesta. Palvelusta voi myös seuloa kaikki tunnetut virukset, jotka vaikuttavat ihmiseen. Niitä löytyy yli tuhat.

UniProt syntyi, kun Euroopan molekyylibiologian instituutti (EMBL-EBI), Sveitsin Bioinformatiikan instituutti (SIB) ja yhdysvaltalainen PIR (Protein Information Resource) päättivät jakaa keräämänsä datan.

Terveydenhuollon työkalujen, rokotteiden ja lääkeaineiden kehittäminen vaatii valtavan määrän ihmistyötä, tietokoneiden laskentatehoa ja hyviä algoritmeja. Tämä on näkymätöntä mutta tärkeää työtä, jota ilman tiede ei kehity. Se on myös perustutkimusta, jonka ansiosta kriiseihin pystytään vastaamaan – jos vain poliitikot ymmärtävät olla leikkaamatta rahoitusta. Viimeksi näin kävi huhtikuussa 2018, kun Trumpin hallinto lakkautti Valkoisen talon pandemioiden torjuntaan keskittyneen ryhmän. Trumpin hallinto on myös yrittänyt monta kertaa leikata tautien ehkäisyyn keskittyneen CDC:n (Centers for Disease Control and Prevention) budjettia.

”Olen bisnesmies”, Trump vastasi kysymykseen budjettileikkauksista. Terveyskriisejä ei kuitenkaan ratkaista bisneslogiikalla.

PS. Koronaviruksen ja erityisesti Ranskan tiukkojen liikkumista estävien rajoitteiden ja niiden myötä Ranskan Diplon ilmestymisvaikeuksien vuoksi käsillä on kevään yhteisnumero 02–03. Seuraava suomenkielinen Le Monde diplomatique & Novaja Gazeta -lehti eli numero 4/2020 ilmestyy elokuussa.

LMD 1/2019

ARI TURUNEN on Le Monde diplomatiquen Suomen edition päätoimittaja.

Kiinnostava juttu, eikö vain?

Le Monde diplomatique:
reportaaseja ja analyyseja kaikkialta maailmasta.
Tilaa Diplo printtinä ja diginä täältä!

Yhdysvallat ja vatsastapuhumisen taito
Mikä on korona-viruksen alkuperä?